En el año 2003 hacen su aparición los juegos Pokémon Ruby y Sapphire para la consola Game Boy Advance.^{[16] [17]} En estas nuevas ediciones aparece una nueva región llamada Hoenn, y 135 nuevas especies de pokémon, elevando el total de hasta 386 pokémon. Se ha incorporado el concepto de las batallas de equipo de 2 contra 2, los concursos pokémon y los Pokéblock (Pokécubos en España), así como nuevas habilidades especiales.

En octubre de 2004 salieron a la venta Pokémon FireRed y LeafGreen,^{[18] [19]} siendo un remake de los primeros juegos, Pokémon Rojo y Azul. El juego se considera parte de la tercera generación debido a que los movimientos de los pokémon, objetos y el resto de características han sido incorporados.

En el año 2005 salió a la venta Pokémon Emerald.^[20] A diferencia de Ruby y Sapphire, en Pokémon Emerald es posible enfrentarse a los dos equipos enemigos existentes (el Equipo Aqua y el Equipo Magma), y nuevos desafíos como la Batalla de la Frontera (Battle Frontier).