En el año 2000 fueron lanzados al mercado los juegos Pokémon Gold y Silver^{[12] [13]} para la consola Game Boy Color. En estas ediciones aparece una nueva región conocida como Johto,^[14] donde se habían descubierto 100 pokémon nuevos (desde Chikorita hasta Celebi), llevando un total de 251 hasta en ese entonces. Johto también escondía misterios como el de las antiguas Ruinas Alpha, o el de la Torre Tin.

En el año 2001 apareció Pokémon Crystal,^[15] el primer juego de Pokémon en donde se puede elegir a un personaje femenino como protagonista.